Dom Mehoffera przy ulicy Krupniczej w Krakowie, obecnie jego muzeum.

Józef Mehoffer impresjonistów nazywał "zboczonymi umysłowo", a o secesji często wypowiadał się krytycznie, jakkolwiek jest wymieniany jednym tchem pośród jej najwybitniejszymi przedstawicielami, nie tylko w Polsce. Był w dodatku członkiem wiedeńskiej Secesji, założonej przez Gustava Klimta.
W życiu artysty pełno jest związków ze Stanisławem Wyspiańskim, ale równie wiele silnych kontrastów między ich biografiami. Obaj znali się z krakowskiej Szkoły Sztuk Pięknych, gdzie od 1887 roku studiowali. Obydwu Jan Matejko przyjął do swojej pracowni i właśnie ich poprosił o pomoc przy nakładaniu polichromii Kościoła Mariackiego w Krakowie, im też przyznał stypendia swojej fundacji, dzięki czemu studiowali w Wiedniu i trafili do Paryża.

Jednak, gdy Wyspiański poddał się po jednym oblanym egzaminie na Ecole des Beaux Arts, Mehoffer podszedł do niego jeszcze dwukrotnie i za trzecim razem dostał się do wybranej przez siebie pracowni Leona Bonnata. Okresy między kolejnymi próbami dostania się na ta uczelnie wypełnił studiami na Akademii Julien, Ecole des Arts Decoratifs i Akademii Coloarossi.
Podczas pobytu we Francji startował w wielu konkursach. M.in. doczekał się realizacji jednego ze swych projektów witraży do katedry we Lwowie, gdzie prace Wyspiańskiego ze względu na opóźnienie w nadesłaniu nie zostały nawet rozpakowane.
Brał udział w konkursie na polichromie Rudolfinum w Pradze, a w 1895 roku jako mało jeszcze znany artysta wygrał międzynarodowy konkurs na witraże do gotyckiej katedry Świętego Mikołaja we Fryburgu. Był to sukces fenomenalny, gdyż pokonał 47 innych prac znacznie bardziej doświadczonych i znanych artystów europejskich. Kolejne kartony do witraży dostarczać będzie jeszcze przez 40 lat.
Między innymi dzięki tej wygranej Józef Mehoffer mógł się ustabilizować finansowo szybciej od Wyspiańskiego i jest jednym z rzadki przypadków artysty polskiego, któremu nigdy nie doskwierała materialna bieda.

Po powrocie do kraju w 1886 roku objął stanowisko profesorskie w Szkole Sztuk Pięknych, której rektorem zostawał trzykrotnie. Otrzymał także zamówienie na dekoracje skarbca Katedry Wawelskiej i polichromii Katedry Płockiej, ale po wykonaniu dekoracji stropu tego pierwszego, na skutek intrygi Karola Lanckorońskiego utracił obydwa zamówienia.
Za to na powszechnej wystawie w Paryżu nagrodzono jego dwie prace - jeden z kartonów do witraży fryburskiej katedry oraz obraz "Śpiewaczka" będący portretem siostry żony artysty.
Mehoffer mieszkał w Krakowie w domu przy ulicy Krupniczej, do którego zaprojektował wszystkie elementy wyposażenia, wystroju wnętrz i wspaniały secesyjny ogród, który często pojawia się na jego obrazach. Mehoffer posiadał także dom pod Wieliczka zwany "Joniakówką", w którym każdy, nawet najdrobniejszy, element został wykonany od podstaw według jego projektu.
Osobnym rozdziałem życia malarza jest praca edukacyjna, o której nie sposób nie wspomnieć głównie za sprawą nazwisk artystów, którzy kształcili się w jego pracowni, a byli to m.in. Stanisław Ignacy Witkiewicz, Tadeusz Makowski, Kazimierz Sichulski.

Podczas wojny Mehoffer został ewakuowany ze Lwowa i trafił do obozu internowanych w Czechach, skąd zwolniono go po długich naciskach dyplomatycznych rządu włoskiego.
Zmarł zaraz po wojnie w Wadowicach w wieku 77 lat.
Do zrealizowanych prac artysty należy zaliczyć drogę krzyżową dla Kościoła Franciszkanów, witraż w Kaplicy Świętokrzyskiej w Katedrze na Wawelu, projekt dekoracji sali obrad krakowskiej Izby Handlowej (obecnie siedziba Wydawnictwa Literackiego), mozaiki w Katedrze Ormiańskiej we Lwowie, jeden witraż w tamtejszej katedrze rzymskokatolickiej, szereg obrazów, w tym m.in. najsłynniejszy, "Dziwny ogród", "Śpiewaczka", "Portret żony" oraz wiele portretów i trzy autoportrety.
Od 1996 roku, w skutek wieloletnich starań jego syna, w dawnym krakowskim domu artysty mieści się jego muzeum.