Kościół Pijarów w Krakowie, tu znajduje się najlepsza polichromia Ecksteina.

Urodzony w Brnie na Morawach, czyli ówczesnej Austrii, Eckstein był wybitnym późnobarokowym malarzem polichromii.
Edukację odbył prawdopodobnie w pracowni V.Halbaxa w Pradze. Po jej zakończeniu pracował na rodzinnych Morawach, malując polichromie w kościołach m.in. w Welehradzie, Brnie i Opawie. Trudno powiedzieć kiedy przybył do Polski, najprawdopodobniej w latach 30-tych XVIII wieku.
Tutaj powstało jego najmonumentalniejsze dzieło, a jest nim polichromia w krakowskim kościele zakonu Pijarów pod wezwaniem Przemienienia Pańskiego. Malował ją sam przez sześć lat, począwszy od 1727 roku. Jego malowidła pokrywają wszystkie ściany kościoła oraz zakrystię, pozostała dekoracja, zarówno rzeźbiarska, jak i architektoniczna, jest jedynie uzupełnieniem jego dzieła i została zredukowana do minimum.

Projekt wnętrza kościoła pochodził od najwybitniejszego polskiego architekta XVIII wieku – Kacpra Bażanki. Wydaje się, że dekoracja malarska została do tej koncepcji ściśle dostosowana. Bażanka projektując kościół wykorzystał całą swoją wiedzę o projektowaniu świątyń w kierunku wykorzystania naturalnego oświetlenia, co jeszcze potęguje efekty malarskiej pracy Ecksteina.
Ołtarz główny został przezeń zaprojektowany wyłącznie jako malowidło, nie licząc tabernakulum. Naniósł go w całości Eckstein wliczając centralną scenę ołtarza - Przemienienie Pańskie. Ściana niszy, na którą je naniósł, została projektowo przesunięta w tył, aby po jej obu stronach móc umieścić okna, które doświetlają przedstawioną na fresku scenę naturalnym dziennym światłem dając niesamowity efekt wizualny i wzmacniając efekt trójwymiarowości sceny.
Freski Ecksteina zdobią także sklepienia kaplic bocznych. Najwspanialszą jest jednak scena ze sklepienia nawy głównej. Ma ona charakter iluzjonistyczny, tj. imituje trójwymiarowość zarówno postaci aniołów otaczających Matkę Boską, siedząca na obłoku, jak i tła. Z tego zadania wywiązując się doskonale. Zgrana ze światłem, które wpada do wnętrza świątyni przez osiem okien, znajdujących się zaraz pod sklepieniem. Padające smugi światła potęgują jeszcze iluzje przestrzeni, w rezultacie dla widza niemożliwym staje się ocena rzeczywistej wysokości sklepienia. W kompozycji Ecksteina nic nie bierze się z nikąd, każdy element jest dobrze przemyślany zarówno od strony malarskiej, ideologicznej, jak i użytkowej. Nawet lina żyrandola jest wkomponowana i wypada z wiadra, które wychyla postać anioła.
Obecny stan polichromii jest efektem kilkuletnich prac konserwatorskich, przeprowadzonych pod koniec lat 90-tych XX w., ratując unikalne dzieło dojrzałego baroku od zniszczenia.
Jedynie malowidła w zakrystii znajdują się nadal w opłakanym stanie.
Niewątpliwie to rzadkie na polskim gruncie arcydzieło, jest też najpóźniejszą iluzjonistyczną polichromią w tej części Europy.

Kolejnym dziełem Ecksteina była rozpoczęta w 1739, a niedokończona z powodu śmierci mistrza w 1741, polichromia kościoła Jezuitów we Lwowie.
Do jej ukończenia zaangażowano jego syna Sebastiana Ecksteina (? Brno-ok.1754 Warszawa). Sztuka syna nie dorównuje jednak dziełu ojca, jej główne artystyczne mankamenty to zbytnie rozjaśnienie barw i upraszczanie malowanych postaci. Ostatecznie prace nad dekoracja ukończył w 1749 roku. Niestety kościół Jezuitów we Lwowie został w czasach ZSSR zamieniony na bibliotekę i jego wnętrza są w opłakanym stanie, od lat ciągnący się proces jego zwrotu nie wróży jego prędkiej konserwacji. Sebastian Eckstein wykonał jeszcze polichromię dla zakrystii i skarbca kościoła Bernardynów we Lwowie. Dekorował także świątynie w Krośnie i Tykocinie.